A Secretaria de Saúde e Higiene Pública de Araçatuba está instalada à rua Rio de Janeiro, 300, em prédio isolado do Paço Municipal, e é o órgão responsável pelo gerenciamento e execução da política municipal de saúde, em especial as funções relativas aos postos de atendimento médico e odontológico, às medidas ligadas à profilaxia de doenças e às campanhas de vacinação, garantindo à população o direito e o acesso aos serviços de saúde.

A secretaria é responsável pela promoção dos serviços médicos cirúrgicos e de socorro urgente à população do município e pela assistência médica e dentária aos alunos das escolas municipais, bem como da população em geral. Compete a ela, também, supervisionar e executar os serviços de fiscalização sanitária e alimentação pública, prestar assistência veterinária e epidemiológica e promover e executar campanhas de saúde pública.

Cabe ainda à secretaria promover, supervisionar e realizar os serviços do Programa de Saúde da Família, como ações preventivas à saúde, e administrar convênios com órgãos públicos ou particulares para executar serviços de saúde pública. Ela é responsável também pela supervisão e realização dos serviços de zoonoses e coordenação dos trabalhos afetos ao Hospital Maternidade Municipal.